Ce papier propose un estimateur local Whittle pour des systèmes bivariés de cointégration fractionnaire déséquilibrés. La cointégration déséquilibrée se caractérise par des variables observées ayant des ordres d’intégration différents, mais après une filtration appropriée les variables récupèrent des ordres équivalents et la théorie usuelle de la cointégration peut s’appliquer. En se basant sur une représentation dans le domaine des fréquences d’une version déséquilibrée du système triangulaire de Phillips, nous développons une approche semi-paramétrique pour l’estimation jointe du paramètre de déséquilibre, du coefficient de long terme et des ordres d’intégration de l’endogène et des résidus. Nous démontrons la consistance et la normalité asymptotique de l’estimateur proposé. Nous trouvons une vitesse de convergence atypique pour le paramètre de déséquilibre (possiblement plus rapide que racine de n) et une distribution limite joint singulière pour ce paramètre et le coefficient de long terme. A travers des expériences Monte Carlo nous montrons ses bonnes propriétés à distance finie. A titre d’illustration, nous appliquons ce nouvel estimateur sur des données financières dans le but d’analyser la transmission d’information entre le marché spot du pétrole et différents marchés Futures du CME-NYMEX.